Егендурды Ягмыров родился в 1965 году в селе Сарайкуль Ходжейлийского района Каракалпакстана. После службы в ракетно-артиллерийских войсках в Белоруссии, Егендурды Ягмыров обучался в школе подготовки машинистов «Трансвзрывпром» в городе Елец Липецкой области (Россия). По окончании учебы он работал машинистом в Подмосковье и на Октябрьской железной дороге в Санкт-Петербурге. В 1987 году он поступил в Санкт-Петербургский университет инженеров путей сообщения и в 1992 году успешно его окончил.