Е. Бегенева — преподаватель-лингвист, исследователь, методист, специалист по istructional design (педагогическому дизайну онлайновых курсов), автор более 50 научных публикаций, в числе которых 2 монографии и учебники, постоянный автор журналов «Русский язык за рубежом» и «Вестник МАПРЯЛ». Программная статья Е. Бегеневой «Педагогический дизайн как альфа и омега виртуального урока» внесена в Википедию.