На этот вопрос нет общего ответа. Флаги использовать, как правило, можно, если при этом не происходит надругательства над ними. Что же касается логотипов, то здесь в каждом конкретном случае необходимо разбираться отдельно. Например, является ли логотип объектом авторского права, а также является ли он охраняемым товарным знаком, и (в последнем случае) если да, то препятствует ли это его использованию. Форма собственности таких компаний (частная, государственная, муниципальная) юридического значения не имеет.